Создание в Костроме музея деревянного зодчества было связано со строительством на Волге плотины Горьковской ГЭС и созданием Горьковского водохранилища в 1955—1957 гг. В 1946 — начале 1950-х гг. в Костромскую область было направлено несколько экспедиций Академии архитектуры СССР с целью выявления особо ценных памятников русской архитектуры. Первой стала экспедиция под руководством С. Л. Агафонова, после чего и началось создание коллекции музея с перевозки в Кострому с затапливаемых территорий памятников культового назначения и крестьянских домов и хозяйственных построек (бань, амбаров, мельниц) XIX — начала XX вв.
Сам музей находится в живописном месте в районе впадении реки Костромы в Волгу и Ипатьевского монастыря. Идти туда можно сначала около 2 км вдоль набережной, затем по лесу.
